Naja Marie Aidt debuterede i 1991 med “Så længe jeg er ung” en digtsamling om en kvindes overgang fra et livsafsnit til et andet, der året efter fik følgeskab af “Et vanskeligt møde”, og i 1994 udkom så “Det tredje landskab”. Dermed afsluttede Naja Marie Aidt en hel lille lyrisk suite, en trilogi om at blive voksen, hvilket i dette tilfælde betyder at modnes og efterhånden lære sorg og savn at kende.

Som prosaist trådte Naja Marie Aidt frem i 1993 med den overbevisende (og voldsomt kritikerroste) novellesamling “Vandmærket”, og to år efter, i 1995, kom der endnu et kortprosabind med den på én gang intetsigende og overmåde sigende titel “Tilgang”. Samme år lod hendes forlag Gyldendal i øvrigt de tre digtbøger udkomme samlet under den meget passende fællestitel, “Trilogi”. I 2008 udkom digtsamlingen “Poesibog”, hvor Naja Marie Aidt i sine digte kredser om tid og erindring, og i 2009 fulgte endnu en bog, nemlig digtsamlingen “Alting blinker”, hvis tema er eksilet og det at være fremmed sat op i det hjemlige og dets dimensioner, hvilket er inspireret af forfatterens eget ophold i New York. Naja Maria Aidt udsendte i 2012 sin første roman, “Sten saks papir”, der kredser om mænds roller og positioner, fædre og sønner og det ofte uoverstigelige i at besejre den sociale arv.

I 2014 udgav hun i samarbejde med Mette Moestrup og Line Knutzon collagebogen “Frit flet”.

 Det er en bog, som indeholder en stor mængde interviews, logbøger, fotografier, lege, sange, sms’er, lister, digte og breve og giver et anderledes indspark i køns- og feminismedebatten. Naja Marie Aidt har vundet et hav af priser for sine anerkendte digte og noveller deriblandt Martin Andersen Nexø prisen, 1996 og senest den anerkendte pris Nordisk Råds Litteraturpris for novellesamlingen “Bavian” i 2008.

Naja Marie Aidt udgav i 2017 den gribende og personlige bog “Har døden taget noget fra dig så giv det tilbage”, der handler om sønnens tragiske død. Naja Marie Aidt mistede ikke kun sin søn, men også sit sprog. To år efter ulykken, fandt Naja sit sprog igen og har skrevet bogen på små noter fra hverdagen, der pludselig blev til mere.